Com a descoberta do 5º Laboratório, a participação dos militares na criação da Pedra Filosofal e sua ligação com os homúnculos começam a se intensificar. Durante a investigação, um crime acontece na Cidade Central e o melhor amigo do Coronel Roy Mustang acaba morto. Enquanto isso, Edward e Alphonse Elric reiniciam sua jornada com a intenção de ir ao acampamento Ishbariano perguntar a Scar sobre a Pedra Filosofal de Ishbal. Durante a viagem eles param em Nash Valley, uma cidade feita para os experts em Auto Mail, um prato cheio para Winry. Lá Edward se mete em uma confusão quando uma jovem chamada Paninia rouba o seu relógio de prata. Quando pensam em ir embora, Ed e Al encontram sua professora de alquimia e são obrigados a retornar à Ilha Yock, um lugar onde ficaram para treinar quando eram apenas crianças. Mas, agora como adolescentes, a Ilha Yock esconde muito mais do que parece.