Alguns anos se passaram, quando Edward e Alphonse Elric retornam para o quartel do leste sem muito sucesso em sua busca pela pedra filosofal. Além deles, o quartel é invadido pelos alquimistas federais e pelo Marechal King Bradley vindos da cidade Central.
Para prestar o exame de renovação do certificado de alquimista federal, Ed resolve desafiar o coronel Roy Mustang para uma batalha. Com as informações adquiridas do coronel, ele e seu irmão vão parar em uma cidade, onde está escondido o Dr. Marco, um alquimista que supostamente sabe como criar a pedra filosofal.
Ele conta tudo sobre o massacre de Ishbal, mas essas lembranças terríveis o perseguem desde aquele dia. Depois de uma batalha com Scar, Ed e Al estão destruídos e resolvem voltar para a sua vila natal, onde podem ser reparados por Winry, mas antes disso Al é esquecido em uma estação e acaba sendo roubado. Para encontrá-lo, Ed vai parar em uma vila onde terá que questionar uma de suas mais profundas crenças.